1920 року, після поразки білих армій на півдні Росії, десятки тисяч козаків залишили батьківщину разом із родинами, забираючи з собою не лише особисті речі, а й, в окремих випадках, військові реліквії та архівні документи своїх станиць — отамани й старшини розуміли, що радянська влада, найімовірніше, знищить козацьке діловодство як символ ворожого стану. Це передчуття майже повністю справдилося: козацтво було офіційно скасоване як стан декретом 1920 року, багато станичних архівів загинули в Громадянську війну чи були знищені в наступні десятиліття, а саме слово «козак» протягом значної частини радянської історії асоціювалося радше з підозрою, ніж з гордістю. Для нащадків козаків це означає, що генеалогічний пошук майже неминуче вимагає розуміння не лише архівної системи Російської імперії загалом, а й окремої, багато в чому особливої логіки, за якою велося козацьке діловодство.
Козацтво в Російській імперії становило не просто військовий служилий стан, а цілісну систему самоврядування, організовану навколо окремих військ — Донського, Кубанського, Терського, Уральського, Сибірського, Забайкальського та інших, загалом одинадцять на початок XX століття. Кожне військо управлялося власною військовою адміністрацією на чолі з наказним отаманом, мало власний земельний устрій і власну систему обліку населення, окрему від губернської адміністрації, до якої належали навколишні некозацькі землі. Цей поділ принципово важливий для пошуку: один і той самий повіт міг включати козацькі станиці, чиї метрики та посімейні списки велися за військовою лінією, і сусідні селянські села, документи яких зберігалися в губернських консисторських фондах, — і архівний шлях для двох родин, що жили за кілька кілометрів одна від одної, міг вести до зовсім різних сховищ.
Основним документом обліку козацького населення слугували посімейні списки — військовий аналог загальноросійських ревізьких казок, але влаштований специфічно під потреби військового обліку, оскільки від належності до козацького стану залежала не лише земельна норма, а й обов'язок нести військову службу. Посімейний список фіксував главу родини, його дружину, дітей із зазначенням віку, а також — що особливо цінно для дослідника — інформацію про несення військової служби кожним чоловіком призовного віку: в якому полку служив, коли був призваний, коли демобілізований. Ці списки велися й оновлювалися протягом десятиліть по кожній станиці окремо й сьогодні зберігаються в архівах тих регіонів, де розташовувалося відповідне військо.
Переважна більшість козаків були православними, і метричні книги станичних церков загалом дотримувалися загальноімперського формату — три частини для народжень, шлюбів і смертей, — але велися окремо від метрик сусідніх некозацьких парафій і сьогодні зберігаються у фондах того архіву, який успадкував документи конкретного козацького війська, а не обов'язково в загальногубернському консисторському фонді. Донське військо, найбільше й найстаріше з козацьких формувань, веде архівну історію з XVI століття, хоча систематична метрика з'являється значно пізніше, разом із загальним поширенням церковного обліку по імперії; Кубанське військо було утворене 1860 року злиттям чорноморських і лінійних козаків і через це об'єднало дві суттєво різні архівні традиції — запорізьку (українську) чорноморську та великоросійську кавказьку лінійну, — що пояснює, чому прізвища та звичаї кубанських козаків нерідко несуть помітний український слід.
З другої половини XIX століття в козацьких станицях почало селитися так зване іногороднє населення — селяни й міщани, що не належали до козацького стану, але проживали на військовій землі, часто орендуючи її в самих козаків. Іногородні не включалися до посімейних списків і не користувалися земельним наділом, що належав козакам, але при цьому могли вінчатися, хрестити дітей і бути похованими в тій самій станичній церкві, — тобто фігурувати в тих самих метричних книгах, що й козацькі родини. Для дослідника це означає, що наявність предка в метриці станичної церкви ще не доводить козацького походження: потрібно окремо перевіряти посімейні списки чи військові послужні списки, щоб встановити станову належність.
Рішення про розкозачення, ухвалене партійним керівництвом на початку 1919 року, передбачало політику масових репресій проти козацтва як стану, особливо жорстко проявлену на Дону, — виселення, конфіскації майна, розстріли. Документи про цей період, що стосуються безпосередньо долі конкретних козацьких родин, потрібно шукати вже не у військових архівах, скасованих разом із самим козацьким станом, а у фондах органів ВЧК і в матеріалах з історії Громадянської війни та розкуркулення, оскільки заможні козацькі родини нерідко проходили за тією самою адміністративною логікою, що й розкуркулені селяни в інших регіонах країни.
Окрім станичного й військового діловодства, окремий пласт документів пов'язаний із конкретними козацькими полками: полкові архіви фіксували призначення, нагороди, поранення й переведення військовослужбовців і сьогодні можуть зберігатися окремо від станичних фондів — у Російському державному військово-історичному архіві (РДВІА) для дореволюційного періоду чи в регіональних архівах, що успадкували документи конкретної військової частини. Для пошуку потрібно знати номер і назву полку, які зазвичай зазначені в посімейному списку чи військовому послужному списку предка. Окрема практична складність — написання козацьких прізвищ, які нерідко мають тюркські, українські чи місцеві діалектні корені й могли записуватися по-різному залежно від грамотності конкретного писаря: одне й те саме прізвище в документах різних років і різних станиць може зустрічатися в кількох варіантах написання. При пошуку варто перевіряти не лише точне сучасне написання прізвища, а й фонетично близькі варіанти, особливо якщо йдеться про війська з помітним українським чи північнокавказьким впливом, такі як Кубанське чи Терське.
На відміну від загального потоку білої еміграції, козацькі частини нерідко евакуювалися організовано, зберігаючи військову структуру й, у низці випадків, частину власного архіву. Донські, кубанські та терські козацькі об'єднання в еміграції створювали власні історичні комісії та музеї — наприклад, Музей лейб-гвардії Козацького полку та архів Донського війська за кордоном, матеріали яких сьогодні частково розосереджені між Росією, Францією та США. Особливо значна козацька громада склалася в міжвоєнній Чехословаччині, де, як і для решти російської еміграції, діяла програма «Російської акції» чехословацького уряду, і празькі архіви донських і кубанських козацьких організацій сьогодні частково зберігаються в Державному архіві Чеської Республіки, а частково були передані до Росії вже в післявоєнний період. Для родини, чий предок емігрував разом із козацькою частиною, варто перевіряти не лише загальні центри російського зарубіжжя, а й архіви конкретних військових об'єднань в еміграції, які вели власний облік особового складу окремо від загальноемігрантських організацій.
Після 1991 року в Росії розпочався процес офіційного відродження козацтва — створювалися військові товариства, велася реєстрація в державному реєстрі козацьких товариств, і багато нащадків козаків, чиї родини десятиліттями приховували чи замовчували станове походження, почали відновлювати втрачений зв'язок з історією предків. Сучасні станичні та військові козацькі товариства нерідко ведуть власні родовідні книги й архіви усної історії, збираючи спогади старожилів, фотографії та документи, що не потрапили до державних фондів, — і для дослідника, що не знайшов потрібних відомостей в архівах, має сенс звернутися безпосередньо до сучасного козацького товариства того регіону, звідки походила родина: часто там зберігається саме та локальна, станична пам'ять, яку неможливо знайти в жодному офіційному документі.
Козацький генеалогічний пошук складний рівно тому, що козацтво було окремою системою всередині імперії, а потім зазнало цілеспрямованого знищення як стан у перші роки радянської влади. Розуміння цієї подвійної структури — військовий архів до 1920 року й матеріали репресивних органів після — перетворює пошук зі звернення загальними губернськими каналами на точний маршрут специфічно козацькими джерелами.
Військо — територіально-адміністративна й військова одиниця козацького самоврядування (Донське, Кубанське, Терське та інші).
Посімейний список — основний документ обліку козацького населення, що фіксує склад родини й відомості про військову службу.
Іногородній — селянин чи міщанин, що проживав на козацькій військовій землі, але не належав до козацького стану.
Наказний отаман — голова військової адміністрації козацького війська.
Розкозачення — радянська політика репресій проти козацтва як стану, розпочата 1919 року.
«Російська акція» — програма підтримки російських емігрантів, зокрема козацьких організацій, чехословацьким урядом у міжвоєнний період.
Реєстр козацьких товариств — державний реєстр, створений після 1991 року для офіційного відродження козацького самоврядування в Росії.
РДВІА — Російський державний військово-історичний архів, що зберігає полкові документи дореволюційного періоду.