ב-1920, לאחר תבוסת הצבאות הלבנים בדרום רוסיה, עזבו עשרות אלפי קוזאקים את מולדתם יחד עם משפחותיהם, ולקחו עמם לא רק חפצים אישיים אלא, במקרים מסוימים, גם חפצי קודש של הצבא ומסמכי ארכיון של הסטניצות (יישובי הקוזאקים) שלהם — אטמנים וזקנים הבינו שהשלטון הסובייטי ככל הנראה ישמיד את התיעוד הקוזאקי כסמל למעמד עוין. ההרגשה הזו התאמתה כמעט לחלוטין: הקוזאקיות בוטלה רשמית כמעמד בצו משנת 1920, ארכיוני סטניצה רבים אבדו במלחמת האזרחים או הושמדו בעשורים הבאים, והמילה 'קוזאק' עצמה נקשרה, לאורך חלק ניכר מההיסטוריה הסובייטית, לחשד יותר מאשר לגאווה. לצאצאי קוזאקים זה אומר שמחקר גנאלוגי דורש כמעט תמיד הבנה לא רק של מערכת הארכיונים של האימפריה הרוסית בכלל, אלא גם של היגיון נפרד ומיוחד מאוד שלפיו נוהל התיעוד הקוזאקי.
הקוזאקיות באימפריה הרוסית לא הייתה רק מעמד צבאי משרתי, אלא מערכת שלמה של שלטון עצמי, מאורגנת סביב צבאות (voiska) נפרדים — הצבא הדוני, הקובאני, הטרקי, האוראלי, הסיבירי, הזבאיקלי ואחרים, סך הכל אחד-עשר בתחילת המאה ה-20. כל צבא נוהל בידי הנהלה צבאית משלו בראשות אטמן שמונה מטעם הכתר, היה לו סדר קרקעות משלו ומערכת רישום אוכלוסין משלו, נפרדת מהמינהל הפלכי שהיה אחראי לשטחים הלא-קוזאקיים שמסביב. חלוקה זו חיונית לחיפוש: אותו מחוז יכול היה לכלול סטניצות קוזאקיות, שפנקסיהן ורשימות המשפחה שלהן נוהלו לפי קו הצבא, לצד כפרי איכרים שכנים שמסמכיהם נשמרו באוספי הקונסיסטוריה הפלכית — והעקבה הארכיונית של שתי משפחות שחיו במרחק של כמה קילומטרים זו מזו יכולה הייתה להוביל למקומות שמירה שונים לחלוטין.
המסמך המרכזי לרישום האוכלוסייה הקוזאקית היה רשימת המשפחה (posemeinyi spisok) — מקבילה ייחודית לכל צבא לרשימות הביקורת הכלל-אימפריאליות (revizskie skazki), אך מובנית לפי הצרכים המיוחדים של רישום הצבא, שכן השייכות למעמד הקוזאקי קבעה לא רק את מנת הקרקע אלא גם את חובת השירות הצבאי. רשימת משפחה תיעדה את ראש המשפחה, אשתו, הילדים עם גילם, וכן — דבר בעל ערך מיוחד לחוקר — מידע על השירות הצבאי של כל גבר בגיל גיוס: באיזה גדוד שירת, מתי גויס, מתי שוחרר. רשימות אלה נוהלו ועודכנו במשך עשרות שנים, סטניצה אחר סטניצה, וכיום נשמרות בארכיוני האזורים שבהם נמצא הצבא המתאים.
הרוב המכריע של הקוזאקים היו אורתודוקסים, ופנקסי הכנסייה של כנסיות הסטניצה עקבו בדרך כלל אחר התבנית הכלל-אימפריאלית — שלושה חלקים ללידות, נישואים ופטירות — אך נוהלו בנפרד מאלה של קהילות לא-קוזאקיות שכנות, וכיום נשמרים באוספי הארכיון שירש את מסמכי צבא קוזאקי מסוים, לא בהכרח באוסף הקונסיסטוריה הפלכית הכללי. הצבא הדוני, הגדול והוותיק מבין התצורות הקוזאקיות, מתעד את היסטוריית הארכיון שלו עד למאה ה-16, אם כי הרישום השיטתי מופיע מאוחר הרבה יותר, יחד עם ההתפשטות הכללית של הרישום הכנסייתי באימפריה; הצבא הקובאני נוצר ב-1860 באיחוד הקוזאקים מהים השחור והקוזאקים מהקו, ולכן איחד שתי מסורות ארכיוניות שונות מהותית — המסורת הזפורוז'ית (האוקראינית) של הים השחור והמסורת הרוסית-הגדולה הקווקזית של הקו — דבר המסביר מדוע שמות המשפחה והמנהגים של קוזאקי קובאן נושאים לעיתים קרובות חותם אוקראיני בולט.
מהמחצית השנייה של המאה ה-19 החלה להתיישב בסטניצות הקוזאקיות אוכלוסייה שכונתה אינוגורודנייה — איכרים ובני עיר שלא השתייכו למעמד הקוזאקי אך חיו על אדמת הצבא, לעיתים קרובות בשכירות מהקוזאקים עצמם. האינוגורודנייה לא נכללו ברשימות המשפחה ולא היו זכאים למנת הקרקע שהוקצתה לקוזאקים, אך יכלו עדיין להינשא, להטביל את ילדיהם ולהיקבר באותה כנסיית סטניצה — כלומר להופיע באותם פנקסי כנסייה כמו משפחות קוזאקיות. עבור החוקר, פירוש הדבר הוא שמציאת אב קדמון בפנקס כנסיית סטניצה אינה מוכיחה כשלעצמה מוצא קוזאקי: יש לבדוק בנפרד את רשימות המשפחה או רשימות השירות הצבאי כדי לקבוע את השייכות המעמדית.
ההחלטה על ביטול הקוזאקיות (raskazachivanie), שאומצה בידי הנהגת המפלגה בתחילת 1919, כללה מדיניות של דיכוי המוני נגד הקוזאקים כמעמד, שהתבטאה בחומרה מיוחדת על נהר הדון — גירושים, החרמת רכוש, הוצאות להורג. מסמכים מתקופה זו, הנוגעים ישירות לגורלן של משפחות קוזאקיות ספציפיות, יש לחפש לא עוד בארכיוני הצבא, שבוטלו יחד עם המעמד הקוזאקי עצמו, אלא באוספי גופי ה-Cheka ובחומרים על תולדות מלחמת האזרחים והדה-קולקיזציה, שכן משפחות קוזאקיות אמידות עברו לעיתים קרובות לפי אותו היגיון אדמיניסטרטיבי שחל על איכרים שעברו דה-קולקיזציה באזורים אחרים של המדינה.
מלבד התיעוד של הסטניצה והצבא, שכבת מסמכים נפרדת קשורה לגדודים קוזאקיים ספציפיים: ארכיוני הגדודים תיעדו מינויים, עיטורים, פציעות והעברות של אנשי צבא, וכיום עשויים להישמר בנפרד מאוספי הסטניצה — בארכיון הצבאי-ההיסטורי הממלכתי של רוסיה (RGVIA) לתקופה שלפני המהפכה, או בארכיונים אזוריים שירשו את מסמכי יחידה צבאית מסוימת. לחיפוש יש לדעת את מספר הגדוד ושמו, שצוינו בדרך כלל ברשימת המשפחה או ברשימת השירות הצבאי של האב הקדמון. קושי מעשי נפרד הוא כתיב שמות המשפחה הקוזאקיים, שלעיתים קרובות יש להם שורשים טורקיים, אוקראיניים או דיאלקטיים מקומיים, ויכלו להירשם באופן שונה בהתאם לרמת ההשכלה של הפקיד הספציפי: אותו שם משפחה יכול להופיע במספר גרסאות כתיב במסמכים משנים שונות וסטניצות שונות. בחיפוש כדאי לבדוק לא רק את הכתיב המדויק והעדכני של שם המשפחה, אלא גם וריאציות הקרובות פונטית, בייחוד כשמדובר בצבאות בעלי השפעה אוקראינית או צפון-קווקזית בולטת, כמו הצבא הקובאני או הטרקי.
בניגוד לזרם הכללי של ההגירה הלבנה, יחידות קוזאקיות פונו לעיתים קרובות באופן מאורגן, ושימרו את מבנה הצבא שלהן ובמקרים מסוימים גם חלק מהארכיון שלהן עצמן. אגודות קוזאקיות דוניות, קובאניות וטרקיות בהגירה הקימו ועדות היסטוריות ומוזיאונים משלהן — לדוגמה, המוזיאון של גדוד הקוזאקים של המשמר ואת ארכיון הצבא הדוני בחו״ל, שחומריהם כיום מפוזרים חלקית בין רוסיה, צרפת וארצות הברית. קהילה קוזאקית משמעותית במיוחד נוצרה בצ'כוסלובקיה שבין שתי מלחמות העולם, שם, כמו עבור שאר ההגירה הרוסית, פעלה תוכנית 'הפעולה הרוסית' של ממשלת צ'כוסלובקיה, וארכיוני פראג של ארגוני הקוזאקים הדוניים והקובאניים נשמרים כיום בחלקם בארכיון הממלכתי של הרפובליקה הצ'כית, ובחלקם הועברו לרוסיה כבר בתקופה שלאחר המלחמה. למשפחה שאב קדמון שלה היגר יחד עם יחידה קוזאקית, כדאי לבדוק לא רק את המרכזים הכלליים של רוסיה שמעבר לים, אלא גם את הארכיונים של אגודות צבא ספציפיות בהגירה, שניהלו רישום כוח אדם משלהן בנפרד מהארגונים הכלליים של המהגרים.
אחרי 1991 החל ברוסיה תהליך של תחייה רשמית של הקוזאקיות — נוסדו אגודות צבא, נוהל רישום במרשם ממלכתי של אגודות קוזאקיות, וצאצאים רבים של קוזאקים, שמשפחותיהם הסתירו או השתיקו במשך עשרות שנים את המוצא המעמדי שלהן, החלו לשחזר את הקשר האבוד להיסטוריית אבותיהם. אגודות קוזאקיות עכשוויות, של הסטניצה והצבא כאחד, מנהלות לעיתים קרובות ספרי יוחסין וארכיוני היסטוריה בעל-פה משלהן, אוספות זיכרונות של תושבים ותיקים, תצלומים ומסמכים שלא הגיעו לאוספים הממלכתיים — ולחוקר שלא מצא את המבוקש בארכיונים, כדאי לפנות ישירות לאגודה הקוזאקית העכשווית של האזור שממנו הגיעה המשפחה: שם נשמר לעיתים קרובות בדיוק אותו זיכרון מקומי, ייחודי לסטניצה, שלא ניתן למצוא באף מסמך רשמי.
החיפוש הגנאלוגי הקוזאקי מורכב בדיוק מכיוון שהקוזאקיות הייתה מערכת נפרדת בתוך האימפריה, ולאחר מכן עברה השמדה ממוקדת כמעמד בשנים הראשונות של השלטון הסובייטי. הבנת המבנה הכפול הזה — ארכיון צבאי לפני 1920 וחומרי גופי הדיכוי אחר כך — הופכת את החיפוש מפנייה כללית בערוצים פלכיים למסלול מדויק דרך מקורות קוזאקיים ספציפיים.
צבא (voisko) — יחידה טריטוריאלית-אדמיניסטרטיבית וצבאית של שלטון עצמי קוזאקי (דוני, קובאני, טרקי ואחרים).
רשימת משפחה (posemeinyi spisok) — המסמך המרכזי לרישום האוכלוסייה הקוזאקית, המתעד את הרכב המשפחה ונתוני השירות הצבאי.
אינוגורודני — איכר או בן עיר שהתגורר על אדמת הצבא הקוזאקי אך לא השתייך למעמד הקוזאקי.
אטמן — ראש ההנהלה של צבא קוזאקי.
ביטול הקוזאקיות (raskazachivanie) — מדיניות סובייטית של דיכוי נגד הקוזאקים כמעמד, שהחלה ב-1919.
'הפעולה הרוסית' — תוכנית תמיכה במהגרים רוסים, כולל ארגונים קוזאקיים, שניהלה ממשלת צ'כוסלובקיה בתקופה שבין שתי מלחמות העולם.
מרשם אגודות קוזאקיות — המרשם הממלכתי שנוצר אחרי 1991 לתחייה הרשמית של השלטון העצמי הקוזאקי ברוסיה.
RGVIA — הארכיון הצבאי-ההיסטורי הממלכתי של רוסיה, השומר מסמכי גדודים מהתקופה שלפני המהפכה.