ב-1939, לאחר חתימת ההסכם בין מולוטוב לריבנטרופ, החלה גרמניה הנאצית במבצע 'Heim ins Reich' — העברת גרמנים אתניים ממדינות שעברו לתחום ההשפעה הסובייטית בחזרה לגרמניה. מאסטוניה ולטביה הוחזרו כשבעים אלף גרמנים בלטיים — צאצאי האצולה והבורגנות הבלטית, שאבותיהם שלטו באדמות הללו במשך שבע מאות שנה, מאז עידן מסדרי הצלבנים. ההעברה הזו סימנה את הסיום הסמלי של עידן ארוך של דומיננטיות תרבותית וארכיונית גרמנית בבלטיקה — ומסבירה בה-בעת מדוע העקבה הגנאלוגית של משפחות בלטיות רבות מובילה כיום לא לטאלין או לריגה, אלא לארכיונים אזוריים גרמניים שקלטו את המתיישבים מחדש של 1939.
השטח של אסטוניה ולטביה של היום הצטרף לאימפריה הרוסית בתחילת המאה ה-18 בעקבות מלחמת הצפון הגדולה, אך ניהול האדמות הללו — שכונו רשמית פלכי הים הבלטי (Ostsee) — אורגן לפי עקרונות שונים מהותית מאלה שבפלכים הרוסיים הגדולים. האצולה המקומית, ברובה ממוצא אתני גרמני, שמרה על זכויות יתר מיוחדות של מה שנקרא 'הסדר הבלטי': משטר קרקעות משלה, שלטון עצמי עירוני משלה, ודבר חשוב במיוחד לגנאלוגיה — ארגון כנסייתי משלה, עצמאי במידה רבה מהסינוד הקדוש, שכן הרוב המכריע של הגרמנים הבלטיים וחלק ניכר מהאוכלוסייה האסטונית והלטבית המקומית היו לותרנים, לא אורתודוקסים.
המקור המרכזי למידע על לידות, נישואים ופטירות באסטוניה ולטביה עד תחילת המאה ה-20 הוא פנקס הקהילה הלותרני — הקירכנבוך (Kirchenbuch) — שנוהל לפי קהילה, בגרמנית, בידי כמורת הכנסייה האוונגלית-לותרנית. רישומים אלה דומים במבנה לפנקסים הקתוליים והפרוטסטנטיים של מרכז אירופה, אך נושאים תכונה אזורית חשובה: רישומים על האוכלוסייה האיכרית של הקהילה, ברובה אסטונית או לטבית, נוהלו לעיתים קרובות עם ציון כפול של שם — שם גרמני שבו האדם היה ידוע לבעל האחוזה ולכנסייה, ושם מקומי אסטוני או לטבי ששימש בחיי היומיום — ושני שמות אלה לא תמיד קל להתאים בלי הכרת שתי המסורות הלשוניות של האזור הספציפי.
מכיוון שפלכי הים הבלטי היו חלק מהאימפריה הרוסית, מערכת הביקורת הכלל-אימפריאלית — מפקדי האוכלוסייה החייבת במס — חלה רשמית גם על שטחם, אך בשל המעמד המשפטי המיוחד של האצולה הבלטית, יישום רשימות הביקורת כאן היה ייחודי: רישום האוכלוסייה האיכרית, הקשורה לאחוזות ספציפיות (mõisa, או בגרמנית Gut), נוהל לעיתים קרובות במקביל לרישומים הכנסייתיים, וכיום עשוי להישמר הן בארכיונים הלאומיים של אסטוניה ולטביה והן באוספי אחוזות אצולה ספציפיות, אם הארכיון המתאים נשמר. הדבר יוצר מערכת מקורות כפולה, לא טיפוסית לשאר שטח האימפריה: אותה משפחת איכרים יכולה להיות מתועדת בנפרד בפנקס הקהילה הכנסייתי ובנפרד בתיעוד המינהלי של האחוזה שאליה הייתה משויכת.
הגורל ההיסטורי של ליטא שונה מאוד מזה של אסטוניה ולטביה: בניגוד לאדמות הבלטיות, ליטא הייתה במשך מאות שנים חלק מהנסיכות הגדולה של ליטא, ולאחר מכן מהמדינה המשותפת הפולנית-ליטאית של חבר העמים, והצטרפה לאימפריה הרוסית רק בעקבות חלוקות פולין בסוף המאה ה-18. פירוש הדבר שהרוב המכריע של הליטאים היו קתולים, לא לותרנים, ופנקסי הכנסייה נוהלו בלטינית או פולנית עד למחצית השנייה של המאה ה-19, אז עבר הניהול בהדרגה לרוסית. העקבה הארכיונית של אבות קדמונים ליטאים דורשת לעיתים קרובות את אותם כישורים כמו חיפוש שורשים פולניים — היכרות עם ניסוחים לטיניים ופולניים, הבנת החלוקה המינהלית של חבר העמים, ובדיקת הארכיונים האזוריים של ליטא, פולין ובלארוס בעת ובעונה אחת, שכן גבולות האדמות הליטאיות ההיסטוריות אינם תואמים לגבולות המדינה המודרנית.
לצאצאי האצולה הבלטית והבורגנות הגרמנית קיימת שכבה שלמה של מקורות מיוחדים, שאינם קשורים לארכיוני הקהילה הרגילים: ספרי יוחסין של האצולה הבלטית (Ritterschaft), מדריכים גנאלוגיים של משפחות גרמניות-בלטיות וארכיוני גופים מקצועיים — גילדות, אגודות מקצועיות, אגודות סטודנטים של אוניברסיטאות גרמניות, שבהן למדו אצילים בלטיים רבים. לאחר הגירוש של 1939 ואובדן ההשפעה הגרמנית באזור בעקבותיו, חלק ניכר מהארכיונים האישיים של הגרמנים הבלטיים הועבר לגרמניה יחד עם המתיישבים מחדש, וכיום חלק גדול מהחומר הזה נשמר בארכיונים ממלכתיים ופרטיים גרמניים המתמחים בתולדות המשפחות הבלטיות — חיפוש בכיוון הזה עשוי להיות פורה יותר מפנייה אך ורק לארכיונים הלאומיים האסטוניים או הלטביים.
לפני השואה, ליטא והאדמות הסמוכות היו אחד המרכזים הגדולים ביותר של התרבות היהודית באירופה, והאוכלוסייה היהודית של האזור — הידועה כליטוואקים, על שם ליטא בליטאית — התאפיינה במסורת דתית ואינטלקטואלית ייחודית, שהעניקה לעולם דמויות כמו הרב אליהו בן שלמה זלמן, הידוע כגאון מווילנה — הסמכות הדתית הגדולה ביותר של יהדות ליטא במאה ה-18, שמורשתו הספרותית ושיטת לימוד התלמוד שלו עיצבו את פני הישיבה הליטאית לעוד מאתיים שנה. מאותה מסורת יצאו הפילוסוף והמחנך ישראל סלנטר, מייסד תנועת המוסר המשפיעה, וחתן פרס נובל לספרות שמואל יוסף עגנון, שיצירותיו נשענו במידה רבה על זיכרון השטעטל היהודי הגליצי-ליטאי. וילנה, שכונתה 'ירושלים דליטא', הייתה אחד המרכזים החשובים ביותר של למדנות יהודית במשך כמה מאות שנים — שם פעלו עשרות בתי כנסת, בתי דפוס וישיבות, ובית הדפוס הווילנאי של האחים רום הוציא מהמאה ה-19 מהדורת תלמוד שהפכה לסטנדרט עבור קהילות יהודיות ברחבי העולם. לצאצאי ליטוואקים, המקור המיוחד המרכזי הוא LitvakSIG — מסד נתונים גנאלוגי של פרויקט JewishGen, המוקדש ספציפית לאוכלוסייה היהודית של ליטא ההיסטורית, כולל שטחים השייכים כיום לבלארוס ולצפון-מזרח פולין, שכן הגבול ההיסטורי של יהדות ליטא אינו תואם לגבולות המדינתיים המודרניים.
לאחר סיפוח הבלטיקה לבריה״מ ב-1940, ובמיוחד לאחר שחרור השטח מהכיבוש הגרמני ב-1944–1945, ביצעו הרשויות הסובייטיות כמה מבצעי גירוש המוני שפגעו בעשרות אלפי משפחות אסטוניות, לטביות וליטאיות — המוכר ביותר הוא מבצע 'פריבוי' ('גלישה') במרץ 1949, שבמהלכו גורשו בו-זמנית לסיביר למעלה מתשעים אלף בני אדם משלוש הרפובליקות, תחת התירוץ הרשמי של מאבק ב'קולקיות' ותמיכה בהתנגדות הפרטיזנית. מסמכים על הגירושים הללו נשמרים כיום בארכיונים הלאומיים של מדינות הבלטי עצמן, בארכיון הממלכתי של הפדרציה הרוסית, ובארכיונים האזוריים של אזורי סיביר וקזחסטן שאליהם נשלחו המגורשים — ולמשפחה שאבותיה חיו בתקופה הסובייטית בבלטיקה, קטגוריית המסמכים הזו מתגלה לעיתים קרובות לא פחות חשובה מהפנקסים הלותרניים או הקתוליים המוקדמים יותר.
שני הארכיונים הלאומיים הבלטיים דיגיטליזו חלק ניכר מאוספי הקהילה שלהם והעמידו אותם בגישה פתוחה — אסטוניה דרך הפורטל Saaga, המאחד סריקות של פנקסי כנסייה, רשימות ביקורת ומסמכים נוספים מהארכיון הלאומי וארכיון העיר טאלין, לטביה דרך הפורטל Raduraksti, שמנהל הארכיון ההיסטורי הממלכתי של לטביה. שני המשאבים מאפשרים עיון ישיר בסריקות המקוריות, ללא צורך בביקור אישי בארכיון, דבר בעל ערך מיוחד לחוקרים החיים מחוץ לאזור. ממשק שני הפורטלים זמין במידה רבה באנגלית, אך המסמכים עצמם נשארים בשפת המקור — בעיקר גרמנית עבור פנקסים לותרניים והשפה המקומית עבור רישומים מאוחרים יותר של המאה ה-20 — ולחיפוש יעיל כדאי להכיר מראש מערך בסיסי של מונחים ארכיוניים בשתי השפות.
החיפוש הגנאלוגי הבלטי מורכב בדיוק מכיוון שהאזור התקיים במשך מאות שנים בצומת בין שלוש מערכות משפטיות ותרבותיות שונות — האציליות הגרמנית, האימפריאלית הרוסית והפולנית-ליטאית — וכל אחת מהן השאירה את העקבה הארכיונית שלה. הבנה איזו מהמערכות הללו הייתה אחראית על משפחה מסוימת בתקופה מסוימת הופכת את החיפוש מגישה כללית לאחת למסלול מדויק דרך מקורות בלטיים ספציפיים.
פלכי הים הבלטי (Ostsee) — השם ההיסטורי של פלכי אסטלנד, ליבלנד וקורלנד של האימפריה הרוסית, בשטח אסטוניה ולטביה של היום.
קירכנבוך (Kirchenbuch) — פנקס קהילה לותרני, המקור המרכזי לרישום לידות, נישואים ופטירות באסטוניה ולטביה עד תחילת המאה ה-20.
Mõisa / Gut — אחוזת אצולה בפלכים הבלטיים שאליה הייתה משויכת האוכלוסייה האיכרית.
Saaga — פורטל מסמכי ארכיון דיגיטליים של אסטוניה, הכולל פנקסי כנסייה ורשימות ביקורת.
Raduraksti — פורטל הארכיון ההיסטורי הממלכתי של לטביה עם פנקסי קהילה דיגיטליים.
Ritterschaft — גוף האצולה הבלטית, שניהל ספרי יוחסין משלו.
Heim ins Reich — תוכנית נאצית להחזרת גרמנים אתניים, שבמסגרתה הועברו גרמנים בלטיים מהבלטיקה לגרמניה ב-1939.
ליטוואקים — האוכלוסייה היהודית של ליטא ההיסטורית, שהתאפיינה במסורת דתית ואינטלקטואלית ייחודית.
מבצע 'פריבוי' — הגירוש ההמוני של תושבי אסטוניה, לטביה וליטא לסיביר במרץ 1949.