En 1939, après la signature du pacte germano-soviétique, l'Allemagne nazie lança l'opération « Heim ins Reich » — le rapatriement vers l'Allemagne des Allemands de souche établis dans les pays passant sous influence soviétique. Environ soixante-dix mille Allemands baltes furent rapatriés d'Estonie et de Lettonie — descendants de la noblesse et de la bourgeoisie baltes dont les ancêtres avaient gouverné ces terres pendant sept siècles, depuis l'époque des ordres croisés. Ce rapatriement marqua la fin symbolique d'une longue ère de domination culturelle et archivistique allemande dans les pays baltes — et explique en même temps pourquoi la trace généalogique de nombreuses familles baltes mène aujourd'hui non pas à Tallinn ou Riga, mais à des archives régionales allemandes ayant accueilli les rapatriés de 1939.
Le territoire de l'Estonie et de la Lettonie actuelles intégra l'Empire russe au début du XVIIIe siècle, à l'issue de la grande guerre du Nord, mais l'administration de ces terres — officiellement appelées gouvernements baltes (ou « ostsee ») — était organisée selon des principes fondamentalement différents de ceux des gouvernements grand-russiens. La noblesse locale, en majorité d'origine ethnique allemande, conserva les privilèges particuliers du « régime balte » : un droit foncier propre, une autonomie urbaine propre et, élément particulièrement important pour la généalogie, une organisation ecclésiastique propre, largement indépendante du Saint-Synode, la grande majorité des Allemands baltes et une part importante de la population locale estonienne et lettone étant luthériennes plutôt qu'orthodoxes.
La principale source d'information sur les naissances, mariages et décès en Estonie et en Lettonie jusqu'au début du XXe siècle est le registre paroissial luthérien — le Kirchenbuch —, tenu par paroisse, en allemand, par le clergé de l'Église évangélique luthérienne. Ces registres ressemblent, dans leur structure, aux registres catholiques et protestants d'Europe centrale, mais présentent une particularité régionale importante : les actes concernant la population paysanne de la paroisse, majoritairement estonienne ou lettone, étaient fréquemment consignés sous deux noms à la fois — un nom allemand, sous lequel la personne était connue du seigneur et de l'Église, et un nom local, estonien ou letton, utilisé au quotidien —, et ces deux variantes ne sont pas toujours faciles à faire correspondre sans connaître les deux traditions linguistiques de la région concernée.
Les gouvernements baltes faisant partie de l'Empire russe, le système de recensement valable pour tout l'empire — recensements de la population imposable — s'étendait formellement à leur territoire, mais, en raison du statut juridique particulier de la noblesse balte, l'application des listes de recensement y présentait des particularités : le recensement de la population paysanne, rattachée à des domaines précis (mõisa, ou en allemand Gut), se faisait fréquemment en parallèle des registres paroissiaux, et se trouve aujourd'hui soit dans les archives nationales d'Estonie et de Lettonie, soit dans les fonds de domaines nobiliaires précis, lorsque les archives correspondantes ont été conservées. Cela crée un double système de sources, atypique pour le reste du territoire impérial : une même famille paysanne peut être consignée séparément dans le registre paroissial et séparément dans la documentation administrative du domaine auquel elle était rattachée.
Le destin historique de la Lituanie diffère nettement de celui de l'Estonie et de la Lettonie : contrairement aux terres baltes, la Lituanie fit pendant des siècles partie du grand-duché de Lituanie, puis de l'État commun polono-lituanien de la République des Deux Nations, et n'intégra l'Empire russe qu'à l'issue des partages de la Pologne, à la fin du XVIIIe siècle. Cela signifie que la grande majorité des Lituaniens étaient catholiques et non luthériens, et que les registres paroissiaux furent tenus en latin ou en polonais jusqu'à la seconde moitié du XIXe siècle, lorsque l'administration passa progressivement au russe. La trace archivistique des ancêtres lituaniens exige souvent les mêmes compétences que la recherche de racines polonaises — connaissance des formules latines et polonaises, compréhension du découpage administratif de la République des Deux Nations, et vérification simultanée des archives régionales de Lituanie, de Pologne et de Biélorussie, les frontières des terres lituaniennes historiques ne coïncidant pas avec celles de l'État moderne.
Pour les descendants de la noblesse balte et de la bourgeoisie allemande, il existe toute une couche de sources spécialisées, sans lien avec les archives paroissiales ordinaires : les livres généalogiques de la noblesse balte (Ritterschaft), des répertoires généalogiques des familles germano-baltes, et les archives de corporations professionnelles — guildes, corps de métiers, corporations étudiantes des universités allemandes, où étudièrent de nombreux nobles baltes. Après la déportation de 1939 et la perte consécutive de l'influence allemande dans la région, une part importante des archives personnelles des Allemands baltes se retrouva transportée en Allemagne avec les rapatriés, et une grande partie de ce matériel se trouve aujourd'hui dans des archives publiques et privées allemandes spécialisées dans l'histoire des familles baltes — une recherche dans cette direction peut se révéler plus fructueuse qu'une démarche limitée aux seules archives nationales estoniennes ou lettones.
Avant la Shoah, la Lituanie et les terres environnantes étaient l'un des plus grands centres de la culture juive en Europe, et la population juive de la région — connue sous le nom de Litvaks, d'après le nom lituanien du pays — se distinguait par une tradition religieuse et intellectuelle propre, qui donna au monde des figures telles que le rabbin Eliyahou ben Shlomo Zalman, connu sous le nom de Gaon de Vilna — la plus haute autorité religieuse du judaïsme lituanien au XVIIIe siècle, dont l'héritage littéraire et la méthode d'étude du Talmud déterminèrent le visage de la yeshiva lituanienne pour deux siècles encore. De cette même tradition sont issus le philosophe et pédagogue Israël Salanter, fondateur de l'influent mouvement éthique du moussar, et le prix Nobel de littérature Shmuel Yossef Agnon, dont les œuvres s'appuyèrent largement sur la mémoire du shtetl juif galicien-lituanien. Vilnius, surnommée la « Jérusalem du Nord », fut l'un des centres les plus importants de l'érudition juive pendant plusieurs siècles — on y comptait des dizaines de synagogues, d'imprimeries et de yeshivot, et l'imprimerie vilnoise des frères Romm publia, à partir du XIXe siècle, une édition du Talmud devenue une référence pour les communautés juives du monde entier. Pour les descendants de Litvaks, la principale ressource spécialisée est LitvakSIG — une base de données généalogiques du projet JewishGen, consacrée précisément à la population juive de la Lituanie historique, y compris des territoires appartenant aujourd'hui à la Biélorussie et au nord-est de la Pologne, la frontière historique du judaïsme lituanien ne coïncidant pas avec les frontières étatiques actuelles.
Après le rattachement des pays baltes à l'URSS en 1940, et surtout après la libération du territoire de l'occupation allemande en 1944-1945, les autorités soviétiques menèrent plusieurs opérations de déportation massive touchant des dizaines de milliers de familles estoniennes, lettonnes et lituaniennes — la plus connue étant l'opération « Priboï » (« Le ressac »), en mars 1949, au cours de laquelle plus de quatre-vingt-dix mille personnes des trois républiques furent déportées simultanément en Sibérie, sous le prétexte officiel de lutter contre le « koulakisme » et le soutien à la résistance partisane. Les documents relatifs à ces déportations sont aujourd'hui conservés dans les archives nationales des États baltes eux-mêmes, aux Archives d'État de la Fédération de Russie, ainsi que dans les archives régionales des oblasts sibériens et kazakhs vers lesquels les déportés étaient envoyés — et pour une famille dont les ancêtres ont vécu la période soviétique dans les pays baltes, cette catégorie de documents se révèle souvent tout aussi importante que les registres luthériens ou catholiques plus anciens.
Les deux archives nationales baltes ont numérisé une part importante de leurs fonds paroissiaux et les rendent accessibles en ligne — l'Estonie via le portail Saaga, qui réunit des numérisations de registres paroissiaux, de listes de recensement et d'autres documents des Archives nationales et des archives municipales de Tallinn, la Lettonie via le portail Raduraksti, tenu par les Archives historiques d'État de Lettonie. Ces deux ressources permettent de consulter directement les numérisations originales, sans nécessiter de visite en personne aux archives, ce qui est particulièrement précieux pour les chercheurs vivant hors de la région. L'interface des deux portails est en grande partie disponible en anglais, mais les documents eux-mêmes restent dans la langue d'origine — principalement l'allemand pour les registres luthériens, et la langue locale pour les actes plus tardifs du XXe siècle —, et il convient, pour une recherche efficace, de se familiariser au préalable avec un ensemble de base de termes archivistiques dans les deux langues.
La recherche généalogique balte est complexe précisément parce que la région a existé pendant des siècles au carrefour de trois systèmes juridiques et culturels distincts — nobiliaire allemand, impérial russe et polono-lituanien —, chacun ayant laissé sa propre trace archivistique. Comprendre lequel de ces systèmes était responsable d'une famille précise à une période précise transforme la recherche, d'une démarche générique, en un parcours précis à travers des sources spécifiquement baltes.
Les gouvernements baltes (ostsee) — la dénomination historique des gouvernements d'Estonie, de Livonie et de Courlande de l'Empire russe, sur le territoire de l'Estonie et de la Lettonie actuelles.
Kirchenbuch — un registre paroissial luthérien, principale source pour l'enregistrement des naissances, mariages et décès en Estonie et en Lettonie jusqu'au début du XXe siècle.
Mõisa / Gut — un domaine nobiliaire dans les gouvernements baltes, auquel la population paysanne était rattachée.
Saaga — un portail de documents d'archives numérisés d'Estonie, comprenant registres paroissiaux et listes de recensement.
Raduraksti — un portail des Archives historiques d'État de Lettonie, proposant des registres paroissiaux numérisés.
Ritterschaft — la corporation de la noblesse balte, qui tenait ses propres livres généalogiques.
Heim ins Reich — le programme nazi de rapatriement des Allemands de souche, dans le cadre duquel les Allemands baltes furent rapatriés des pays baltes vers l'Allemagne en 1939.
Litvaks — la population juive de la Lituanie historique, marquée par une tradition religieuse et intellectuelle propre.
Opération « Priboï » — la déportation massive d'habitants d'Estonie, de Lettonie et de Lituanie vers la Sibérie en mars 1949.